Tanto el Monte Kenia como el Kilimanjaro son montañas recientes, de edad cuaternaria, producidas por la actividad volcánica relacionada con la formación del rift africano. Sin embargo, el Ruwenzori, aunque también relacionado con la estructura del rift, tiene un origen geológico diferente. Se trata de un horst (bloque elevado limitado por fallas) constituido por rocas precámbricas, situado en la frontera entre Uganda y la actual República Democrática del Congo.